ตามที่ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ แจ้งกำหนดการรับมอบเงินสนับสนุนส่วนที่เหลือ แบบให้เปล่า ประจำฤดูกาล 2020 แก่สโมสรสมาชิกในระดับไทยลีก 2 จำนวน 18 ทีม จะได้รับเงินส่วนที่เหลือ ทีมละ 1,000,000 บาท รวมฤดูกาล 2020 ได้รับเงิน 1,750,000 บาท ตั้งแต่วันที่ 7 มิถุนายน 2564 ที่ผ่านมา
โดยมีหลักเกณฑ์ว่า ทุกสโมสรที่จะได้รับเงินสนับสนุน จะต้องชำระเงินค่าปรับทุกรายการ การแข่งขันให้เสร็จสิ้น และต้องชำระเงินค่าบำรุงสมาชิก ประจำปี 2563 และ 2564 ให้เสร็จสิ้นก่อนยื่นเอกสารรับเงินสนับสนุน
ในกรณีของ สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ไม่ได้รับเงินเต็มจำนวน เนื่องจาก สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ถูกหักเงินสนับสนุนจาก สหพันธ์ฟุตบอลนานาชาติ (FIFA) ซึ่งเกิดจากค่าปรับกรณีที่สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ถูกตัดสินลงโทษสองกรณี รวมเป็นเงินจำนวน 463,453.75 บาท ตามรายละเอียดคำตัดสิน ดังนี้
1. คำตัดสินที่ 180382 PST THA ZH
สโมสร อีสาน ยูไนเต็ด (ศรีสะเกษ เอฟซี ปัจจุบัน) ไม่ปฏิบัติตามคำตัดสินของ Dispute Resolution Chamber เมื่อวันที่ 17 ธันวาคม 2558 ในกรณีค้างจ่ายค่าตอบแทนของ Khaled Farid Kharroubi นักกีฬาฟุตบอล สัญชาติฝรั่งเศส เป็นจำนวนเงิน 610,000 บาท และต้องจ่ายค่าเสียหายจากการละเมิดสัญญาอีก 1,712,000 บาท และค่าตั๋วเครื่องบิน 950 เหรียญสหรัฐ ทาง FIFA จึงมีคำตัดสิน เมื่อวันที่ 23 เมษายน 2562 ปรับเงินสโมสร อีสาน ยูไนเต็ด (ศรีสะเกษ เอฟซี ปัจจุบัน) เป็นจำนวนเงิน 7,500 ฟรังก์สวิส คิดเป็นเงินไทย ณ เวลานั้น 232,484.91 บาท
2.คำตัดสินที่ 190069 PST THA ZH
สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ไม่ปฏิบัติตามคำตัดสินของ Dispute Resolution Chamber เมื่อวันที่ 29 มีนาคม 2561 ในกรณีค้างจ่ายค่าตอบแทนของ Houkjin Kouen นักกีฬาฟุตบอล สัญชาติเกาหลีใต้ เป็นจำนวนเงิน 365,000 บาท และต้องจ่ายค่าเสียหายจากการละเมิดสัญญาอีก 1,805,000 บาท แม้สโมสรจะจ่ายให้กับนักกีฬาไปแล้วส่วนหนึ่งเป็นจำนวนเงิน 12,077.51 เหรียญสหรัฐก็ตาม ทาง FIFA จึงมีคำตัดสิน เมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2562 ปรับเงินสโสมรศรีสะเกษ เอฟซี เป็นจำนวนเงิน 7,500 ฟรังก์สวิส คิดเป็นเงินไทย ณ เวลานั้น 230,968.84 บาท
อนึ่ง สำหรับ สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี ซึ่งเป็นสโมสรที่สืบสิทธิมาจากสโมสรอีสานยูไนเต็ด ย่อมรับไปทั้งสิทธิและหน้าที่ และบรรดาสิทธิเรียกร้องที่นักกีฬามีต่อสโมสรด้วย
สำหรับ สโมสรศรีสะเกษ เอฟซี จะได้รับเงินสนับสนุนส่วนที่เหลือหลังจากหักค่าปรับแล้ว จำนวน 536,546.25 บาท
