ตามที่ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้รับความเสียหายอันเกิดจากการบริหารงานเนื่องจากการค้างชำระภาษีอากร และเบี้ยปรับที่ไม่จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2550 ถึง พ.ศ.2555 ซึ่งในช่วงระยะเวลาดังกล่าวสมาคมมีรายรับจากการให้บริการกับผู้ให้การสนับสนุนตามสัญญาต่างตอบแทนถือเป็นเงินได้ตามมาตรา 40(8) แห่งประมวลรัษฎากร และถือเป็นการให้บริการที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม รวมทั้งสิ้น 412,847,141.99 ล้านบาท และต้องเสียภาษีอากร รวมทั้งสิ้น 28,899,299.94 ล้านบาท นั้น
แต่เนื่องจาก นายวรวีร์ มะกูดี ซึ่งเป็นนายกสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ ในห้วงเวลาดังกล่าว และในฐานะผู้แทนสมาคมฯที่ต้องดำเนินการเรื่องการจ่ายภาษีอากร การจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม ละเลยการทำหน้าที่ทำให้ สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เกิดความเสียหายต้องชำระค่าเบี้ยปรับ 89 (1) จำนวน 57,798,599.88 ล้านบาท และ ชำระเงินเพิ่ม (คำนวณถึง 15 ก.ย.59) จำนวน 27,054,261.84 ล้านบาท รวมความเสียหายทั้งสิ้น 84,852,861.72 ล้านบาท
ภายหลัง ในปี 2559 พล.ต.อ.ดร.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ดำเนินการชำระค่าภาษีอากร รวม 28,899,299.94 ล้านบาท และแจ้งคำร้องของดและหรือลดเบี้ยปรับ ต่อสำนักสอบภาษีกลาง กรมสรรพากร เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม 2559 และได้รับการยกเว้นค่าเบี้ยปรับ 89 (1) จำนวนเงิน 57,798,599.88 ล้านบาท
อย่างไรก็ตาม สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ยังคงต้องชำระเบี้ยปรับเงินเพิ่ม (คำนวณถึง 15 ก.ย.59) รวมเป็นเงินทั้งสิ้น 27,054,261.84 ล้านบาท ซึ่งเป็นความเสียหายที่เกิดขึ้นจากการละเลยการทำหน้าที่ของ นายวรวีร์ มะกูดี ในฐานะผู้แทนสมาคมฯที่ต้องดำเนินการเรื่องการจ่ายภาษีอากร การจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม
โดย ฝ่ายกฎหมาย สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ จะดำเนินการรวบรวมเอกสารหลักฐานเพื่อฟ้องร้องดำเนินคดีแพ่ง และคดีอาญา ต่อไป ทั้งนี้ ความเสียหายดังกล่าว นับเพียงปีภาษี 2550 ถึง 2555 เท่านั้น
